Комиссия по вопросам помилования при Президенте Республики Казахстан образована 25 января 1992 года для предварительного рассмотрения материалов о помиловании и является консультативно-совещательным органом при Главе государства.
Деятельность Комиссии регулируется Положением, утвержденным Указом Президента Республики Казахстан от 5 июля 2006 года № 140.
Возглавляет Комиссию председатель, назначаемый Главой государства.
В состав Комиссии входят по должности заместитель Руководителя Администрации Президента Республики Казахстан, координирующий работу в сфере правовой политики, являющийся заместителем председателя, Уполномоченный по правам человека в Республике Казахстан, заместитель Генерального Прокурора, курирующий вопросы исполнения наказаний и реабилитации граждан, и заместитель Министра внутренних дел – председатель Комитета уголовно-исполнительной системы Министерства внутренних дел Республики Казахстан.
Заседания Комиссии проводит председатель Комиссии или в его отсутствии заместитель председателя. Заседание Комиссии считается правомочным при наличии двух третей ее членов. На заседаниях Комиссии могут присутствовать и выступать по обсуждаемым вопросам Председатель Верховного Суда, председатели судебных коллегий Верховного Суда, руководители центральных государственных органов или их заместители.
Решение Комиссии принимается большинством голосов от числа присутствующих ее членов. Первым на голосование ставится вопрос, наиболее благоприятный для осужденного. При разделении голосов членов Комиссии поровну решающим является голос председательствующего. Решение Комиссии оформляется протоколом и подписывается всеми ее членами, участвовавшими в заседании.
При рассмотрении вопроса о помиловании изучаются и принимаются во внимание:
1) характер и степень общественной опасности совершенного преступления, личность осужденного, его поведение, отношение к труду, участие в работе самодеятельных организаций в местах лишения свободы, срок неотбытого наказания, семейное положение и другие обстоятельства, имеющие значение при рассмотрении ходатайства о помиловании;
2) заключения Председателя Верховного Суда, Генерального Прокурора и Министра внутренних дел Республики Казахстан о целесообразности применения акта помилования к осужденному;
3) мнения администрации органов, исполняющих наказание, общественных объединений и трудовых коллективов;
4) обращение (при наличии) потерпевшего о помиловании осужденного.
Рабочим органом Комиссии является Государственно-правовой отдел Администрации Президента Республики Казахстан, который готовит материалы на рассмотрение Комиссии и Президента Республики Казахстан, осуществляет контроль за своевременным исполнением указов Главы государства о помиловании, обобщает практику применения помилования.